Emily Yabe a obtenu une licence en musique à la Toho Gauken School of Music de Tokyo, sa ville natale, puis a poursuivi des études supérieures à la Hochschule für musik Dresden, où elle a obtenu un diplôme en musique orchestrale et un diplôme de soliste auprès du professeur Ivan Ženatý, qu'elle a terminé en 2012.
Pendant ses études à Tokyo, elle a commencé à travailler avec des artistes contemporains. En 2002, elle a reçu le prix de la bourse d'études au cours d'été de Darmstadt. En 2008, elle a reçu le prix spécial pour la meilleure interprétation d'une œuvre du XXe siècle au concours international « Queen Sophie Charlotte » et en 2010, le prix DAAD. Elle a également été boursière à l'Académie Hellerau pour le théâtre musical expérimental 2010/11.
Emily a participé à des master classes avec Vadim Gluzman, Ulf Hoelscher, Kevork Mardirossian, Miklós Perényi, Benjamin Schmid, Thomas Brandis, l'Ensemble Modern et l'ensemble recherche.
Elle a travaillé avec de nombreux artistes et compositeurs contemporains, dont Mark Andre, Saskia Bladt, Adriana Hölszky, Sven-Ingo Koch, György Kurtág, Helmut Lachenmann, Helmut Oehring, Enno Poppe et Manos Tsangaris, et a donné des premières mondiales en Europe et en Asie.
