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Yukiko Watanabe a étudié la composition et le piano à la Toho Gakuen School of Music Japan avec Keiko Harada et Michio Mamiya. En 2008, elle s'est installée en Autriche et a étudié avec Beat Furrer à la Kunstuniversität Graz. De 2014 à 2016, elle a étudié avec Johannes Schöllhorn à la Hochschule für Musik Köln. Elle a reçu des prix et des bourses comme la Nomura Cultural Foundation, la Rohm Music Foundation, l'Agence japonaise pour les affaires culturelles, le DAAD, Ö1 Talentebörse-Kompositionspreise, le prix Akutagawa pour la composition musicale.
Sa musique a été jouée en Allemagne, en Autriche, aux Pays-Bas, en Espagne, en France, en Suède, au Danemark, en Finlande, aux États-Unis, au Mexique, en Égypte, aux États-Unis, au Canada, en Corée, à Singapour et au Japon.
Elle a reçu la bourse de l'International Ensemble Modern Academy (2016/17) à Francfort et de la Kunststiftung NRW im Künstlerdorf Schöppingen 2018, en résidence pour les musiques nouvelles à l'Institut Goethe Canada 2019. Elle vit actuellement à Cologne, en Allemagne, en tant que compositrice indépendante.
À partir de 2017, elle est directrice artistique de son propre projet qui vise à soutenir les jeunes musiciens en leur offrant la possibilité de développer leurs compétences créatives.